Para CouchDB, recomiendo leer este artículo sobre relaciones entre entidades.
Una cosa que señalaría en CouchDB es tener cuidado al intentar "normalizar" un modelo de datos no relacional. El almacenamiento basado en documentos le ofrece una gran flexibilidad, y rara vez es la mejor idea abstraer todo en tantos "tipos de documentos" como pueda imaginar. Muchas veces, es mejor dejar gran parte de sus datos dentro del mismo documento a menos que tenga casos claros donde existen entidades separadas.
Un caso de uso común de las relaciones de muchos a muchos es implementar el etiquetado. Hay artículos sobre los diferentes métodos que puede usar para lograr esto en CouchDB. Puede que se aplique a sus requisitos, puede que no, pero probablemente valga la pena leerlo.
