Encontré el problema.
Desde que definí mi base de datos en mi archivo lib.js
users = new Meteor.collection("users");
No necesito poner una base de datos delante de db.users.update({_id : "Jack"},{...}) . También necesito encontrar el documento usando el mongo _id dado , no el identificador "username" .
entonces el código apropiado sería
users.update({_id : "Jack"},{$set:{age : 13, username : "Jack"}});