Encontré el problema.
Desde que definí mi base de datos en mi archivo lib.js
users = new Meteor.collection("users");
No necesito poner una base de datos delante de db.users.update({_id : "Jack"},{...})
. También necesito encontrar el documento usando el mongo _id
dado , no el identificador "username"
.
entonces el código apropiado sería
users.update({_id : "Jack"},{$set:{age : 13, username : "Jack"}});