MongoDB actualiza múltiples subdocumentos con o consulta

Tienes este error

debido a que su segunda consulta coincidió con varios subdocumentos . Actualmente no es posible utilizar el operador posicional para actualizar todos los elementos de una matriz mediante el operador posicional.

así que para resolver tu problema puedes seguir este proceso

1. Encuentre el documento usando _id y para encontrar el subdocumento usando $elemMatch y luego

2. actualice cada subdocumento y guarde el documento nuevamente

puede probar así:

db.deduplications.find(  
{ $or: [ {
         "_id": ObjectId("583fc558668bde730a460e11") , 
        "DeviceVersionPairs":{
            $elemMatch:{ "DeviceId": ObjectId("5822d0606bfdcd6ec407d9b9") , 
            "CloudFolderId": ObjectId("5823110e6bfdd46ec4357582") ,
            "DeviceVersionPairs.CloudFileId": ObjectId("582311168cd396223499942a") ,
            "DeviceVersionPairs.VersionId": ObjectId("582311168cd396223499942b") }}
    } ,   
    { 
        "_id": ObjectId("583fc558668bde730a460e11") , 
        "DeviceVersionPairs":{
            $elemMatch:{ "DeviceId": ObjectId("56dfe1356caaea14a819f1e4") , 
            "CloudFolderId": ObjectId("583fb4bc6e7f341874f13bfc") , 
            "CloudFileId": ObjectId("583fb539e015b8a53fb71872") , 
            "VersionId": ObjectId("583fb4ca6e7f331874213584") }}
    } ] 
}).forEach(function (doc) {
    doc.DeviceVersionPairs.forEach(function (device) {
      device.status = 'passive';
    });
    db.deduplications.save(doc);
 });