Simplemente declare la función javascript nativa que puede comparar dos objetos de la manera que necesita, luego escriba un código como este:
obj1 = db.test.findOne({"_id" : ObjectId("5176f80981f1e2878e840888")})
obj2 = db.test.findOne({"_id" : ObjectId("5176f82081f1e2878e840889")})
difference(obj1, obj2)
Se pueden encontrar algunas funciones de diferencia nativas de JavaScript aquí o aquí
PD También puede cargar algunas librerías js de terceros desde shell como esta:
load("D:\difference.js")
Espero que esta ayuda.
