Cómo actualizar objetos en matriz en Mongo

Creo que estás buscando FindAndModify :

db.runCommand({
  findAndModify: "post",
  query: { user_id: 123 },
  update: { $set: { user_id: 'abc' } }
})

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Creo que puedes hacer algo similar en una colección con actualizar si multi se establece en true :

db.post.update(
  { user_id: 123 },
  { $set: { user_id: 'abc' } },
  { multi: true }
)