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cómo actualizar un objeto de la colección mLab usando _id

Estás usando updateOne debería ser updateMany de la siguiente manera

db.collection("home").updateMany(myquery, {

updateOne actualizará el primer documento.

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También mira esta línea 

const myquery = {"_id": ObjectId }; is incomplete

Debería ser 

const myquery = {"_id": ObjectId("some id") };