Eliminar un elemento de una matriz mongodb equivalente en mongoose

Esto debería funcionar:

db.lists.update(
    {}, 
    { $pull: {"items": {"_id" :ObjectId("5399e2cc2d7b0349d89d2b44") }},
    { multi: true }})

Para cada documento de la colección ({} significa consulta vacía), elimina todos los elementos con el _id proporcionado (en los items formación). Sin el multi opción, solo se verá afectado el primer documento encontrado