Mongoose extrae ObjectId de la matriz

Debe definir explícitamente los tipos en su definición de esquema, es decir,

groups: [{ type: Schema.Types.ObjectId, ref: 'Group' }], 
linkedUsers: [{ type: Schema.Types.ObjectId, ref: 'User' }]

y luego use

User.findOneAndUpdate( 
    { _id: fromUserId }, 
    { $pullAll: { linkedUsers: [idToDelete] } }, 
    { new: true }, 
    function(err, data) {} 
);

o

User.findByIdAndUpdate(fromUserId, 
    { $pullAll: { linkedUsers: [idToDelete] } }, 
    { new: true }, 
    function(err, data) {} 
);