MongoDB:Comprobando si la matriz anidada contiene una sub-matriz

Puedes probar $all con $elemMatch para coincidir con las condiciones de la consulta.

db.collection.find({
    gradeCards: {
        $all: [{
            "$elemMatch": {
                id: 1234,
                comments: {
                    $in: ['GOOD', 'NICE']
                }
            }
        }, {
            "$elemMatch": {
                id: 2345,
                comments: {
                    $in: ['GOOD']
                }
            }
        }, ]
    }
})