Sugeriría almacenar los votos como una lista de historias _id s en cada usuario. De esa manera, puede averiguar qué historias ha votado un usuario con solo mirar la lista. Para obtener los usuarios que votaron por una historia, puede hacer algo como:
db.users.find({stories: story_id})
donde story_id es el _id de la historia en cuestión. Si creas un índice en las stories ambas consultas serán rápidas.
