¿Estás seguro de que la consulta no está funcionando? Prueba:
SELECT TOP 100 '~'+ t.notes +'~'
FROM TABLE1 t
TOP 100 limitará los resultados a las primeras 100 filas, lo suficiente para tener una idea de si realmente hay un espacio en la salida. Si lo hay, y RTRIM/LTRIM no lo está eliminando, entonces no está tratando con un carácter de espacio en blanco. En ese caso, intente:
UPDATE TABLE1
SET notes = REPLACE(notes,
SUBSTRING(notes, PATINDEX('%[^a-zA-Z0-9 '''''']%', notes), 1),
'')
WHERE PATINDEX('%[^a-zA-Z0-9 '''''']%', notes) <> 0
