Bueno, es un gran paso el que estás a punto de dar.
En general, Java es bastante bueno en cuanto a compatibilidad con versiones anteriores.
La siguiente es una lista de cambios que Oracle ha enumerado para cada versión:
En cuanto a EJB, existen grandes diferencias entre EJB 1.1 y EJB 3.0 (recomendaría 3.1), que de hecho necesitan ser ajustados, comenzaría desde aquí .
En cuanto a la base de datos, si usará la estrategia de generación automática de hibernación, no tendrá problemas con el script que tenía antes (¡me imagino que tenía uno!).
En cuanto al servidor de aplicaciones, me imagino que no tendría problemas con él si estuviera recién instalado, por supuesto, siempre y cuando esté probando la migración de su proyecto en él.
Espero que esto ayude.
