¿La mejor manera de INSERTAR muchos valores en mysqli?

Debería poder aumentar considerablemente la velocidad colocando sus inserciones dentro de una transacción. También puede mover sus declaraciones de preparación y vinculación fuera de su bucle.

$array = array("array", "with", "about", "2000", "values");
$query = "INSERT INTO table (link) VALUES (?)";
$stmt = $mysqli->prepare($query);
$stmt ->bind_param("s", $one);

$mysqli->query("START TRANSACTION");
foreach ($array as $one) {
    $stmt->execute();
}
$stmt->close();
$mysqli->query("COMMIT");

Probé este código con 10.000 iteraciones en mi servidor web.

Sin transacción:226 seconds. Con transacción:2 seconds. O un two order of magnitude speed increase , al menos para esa prueba.