Si tiene una restricción de clave externa, ¿cómo puede eliminar una fila de la tabla A cuando la tabla B hace referencia a esa fila? Eso me parece un error.
De todos modos, puede evitar la reutilización de valores de incremento automático restableciendo el desplazamiento cuando su aplicación se reinicia. Consulte el máximo en todas las tablas que hacen referencia a la tabla A, luego modifique la tabla por encima de ese máximo, p. si el máximo es 989, usa esto:
alter table TableA auto_increment=999;
También tenga en cuenta que los diferentes motores de MySQL tienen un comportamiento de incremento automático diferente. Este truco funciona para InnoDB.
