En las versiones anteriores de MySQL ( <5.7.5 ) la única forma de configurar
variable fue escribiéndola en my.cnf (para linux) y my.ini (para Windows) en la sección [mysqld]:
[mysqld]
innodb_buffer_pool_size = 2147483648
Debe reiniciar su servidor mysql para que funcione.
ACTUALIZACIÓN:
Referencia:http://dev .mysql.com/doc/refman/5.7/en/innodb-buffer-pool-online-resize.html
Nota
Por @FlyingAtom
