Si ayuda, tuve el mismo problema y pude solucionarlo eliminando todos los archivos mysql generados misteriosamente en el directorio de datos:
Simplemente elimine todos los archivos maestros y deje su carpeta de datos como esta imagen:
Espero que esto ayude. ¡Salud!
EDITAR:después de eliminar todos esos archivos, cada vez que intento iniciar Mysql nuevamente, necesito eliminar aria_log.00000001 (este número aumenta cada vez que inicio Mysql). Téngalo en cuenta si vuelve a suceder lo mismo.
