grupo de conteo mysql por orden por optimización

Agregue un índice a sus tags columna:

ALTER TABLE `tagname` 
ADD INDEX `tags_index` (`tags` ASC) ;

EDITAR:

Intenta crear un segundo índice

CREATE INDEX tags_pid_index ON tagname (tags, pid);

Luego modifique su consulta a:

SELECT tags, COUNT(pid) as Num 
FROM tagname
GROUP BY tags
ORDER BY Num DESC