PHP:la consulta PDO no devuelve resultados, pero la misma consulta devuelve 4 resultados en phpmyadmin?

Creo que no estabas incluyendo los parámetros entre comillas simples. Prueba este código

$query = "SELECT `ent`.`Entity_Id`, `ent`.`Profile_Pic_Url`, `ent`.`First_Name`, `ent`.`Last_Name`, `ent`.`Last_CheckIn_Place`, `comments`.`Content`
      FROM   `checkin_comments` AS `comments`
      JOIN   `entity` AS `ent`
      ON     `comments`.`Entity_Id` = `ent`.`Entity_Id`
      LEFT JOIN `friends` AS `f`
      ON     `ent`.`Entity_Id` = ':entityId'
      WHERE  `comments`.`Chk_Id` = ':checkInId'
      AND    `f`.`Category` != 4
      GROUP BY `comments`.`Comment_Id`
      ";

// Bind the parameters to the query
$data = Array(":checkInId" => (int)$checkInId, ":entityId" => (int)$userId);

Espero que esto ayude.