Solo actualice el campo MYSQL si el campo contiene nulo o 0

Prueba esto:

...
ON DUPLICATE KEY UPDATE
rFormat=VALUES(rFormat),
rFiles=IF(ISNULL(rFiles), VALUES(rFiles), VALUES(rSizeMB)),
rText=VALUES(rText);

No he usado cosas MySQL más avanzadas (como IF) en un tiempo, así que no estoy seguro de esto, pero debería ser correcto. La parte clave es establecer rFiles en el valor devuelto por el IF.