La variable MySQL `max_allowed_packet` se restablece automáticamente a 1 MB

Ah, deberías revocar los "súper" privilegios. Da permiso para usar SET GLOBAL .

REVOKE SUPER ON *.* FROM 'username'@'localhost';
FLUSH PRIVILEGES;

http://dev.mysql.com/doc /refman/5.7/en/privilegios-proporcionados.html#priv_super