Muchas, muchas cosas pueden provocar este error . En mi experiencia, generalmente es un archivo SQL de más de 1 MB, o el tiempo de espera de espera en sus servidores my.cnf está configurado muy bajo (sesenta segundos) necesita ajustarse correctamente. Al implementar my.cnf, pruebe un wait_timeout 86400 y un max_allowed_packet de "suficiente" para importar ese archivo.
Por ejemplo:
[mysqld]
wait_timeout = 86400
max_allowed_packet = 1GB
PD. No recomendaría este alto de parámetros en la producción real.
