Combinar resultados de dos tablas en datos JSON

Para obtener la estructura deseada, debe ejecutar dos instrucciones SQL:una para obtener todas las palabras y otra para obtener todos los párrafos.

$result_w = $conn->query("SELECT * FROM words;");
$results_w = $result->fetch_all(MYSQLI_ASSOC);

$result_p = $conn->query("SELECT * FROM paragraphs;");
$results_p = $result->fetch_all(MYSQLI_ASSOC);

$paragraphs = [];
foreach($results_p as $key => $row) {
  $paragraphs[$row['id']] = $row;
}

$data = [];

foreach($results_w as $key => $row) {
  $p_no = $row['paragraph_no'];
  $data[$p_no]['words'] = $results_w;
  $data[$p_no]['paragraph'] = $paragraphs[$p_no];
}

¿Es su salida para $data ahora que necesitas?