Como las declaraciones preparadas del lado del servidor son deshabilitado por defecto de Connector/J 5.0.5 en , existe una buena posibilidad de que combinado con la introducción de fractional segundo soporte en MySQL 5.6.4 ellos causan tu problema.
Intente agregar useServerPrepStmts=false a su cadena de conexión (que también debería garantizar que System.out.println realmente imprime el SQL que se ejecuta y no solo una aproximación).
