¿Cómo reemplazar NULL con 0 en la consulta?

No es necesario envolverlo con otro CASE/COALESCE/IFNULL o cualquier cosa, solo usa CASE EXPRESSION ELSE , en caso de que no se cumplan todas las condiciones, ELSE se utilizará.

UPDATE users 
           SET reputation = reputation +
                            CASE WHEN id = ? THEN 2
                                 WHEN id = ? AND NOT ? THEN 15
                                 ELSE 0
                            END
          WHERE id IN (?, ?);