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¿Es posible reconstruir pg_depend?

No, porque esa información no es redundante (eso sería un problema).

Jugar manualmente con pg_depend es probable que empeore las cosas.

Su mejor opción es crear un volcado solo de esquema (pg_dump --section=pre-data ) y masajee eso manualmente hasta que pueda cargarlo en una nueva base de datos (algunas dependencias aún se perderán, por ejemplo, las columnas que poseen una secuencia).

Una vez que haya tenido éxito con eso, use ALTER instrucciones para ajustar otras dependencias que observe que faltan.

Una vez que esté satisfecho con el resultado, descargue el resto de la base de datos (pg_dump --section=data y pg_dump --section=post-data ) y restaurarlos en la base de datos en este orden.

Me temo que no puedes hacerlo mejor que eso.