Tuve el mismo problema al actualizar a la última versión de Eclipse. Después de investigar un poco, encontré un informe de errores en la página de seguimiento de errores de Eclipse:
Esto indica que el módulo que causa el problema es Depuración de hardware C/C++ GDB versión 9.4.0.201712051550. Lo verifiqué y tenía la misma versión cuando ocurrió el error. La solución actual es volver a una versión anterior. Al volver a la versión 9.3.2.201709131603, el problema se resuelve y puedo usar GDB para depurar los microcontroladores STM.
Puede encontrar la versión actual de este módulo en Ayuda> Acerca de luego Detalles de instalación luego en Soporte de depuración remota de OpenSTM32 . Para volver a un anterior tienes dos opciones. Si actualizó Eclipse, entonces en los Detalles de instalación ventana hay un Historial de instalación pestaña, donde puede volver a la versión anterior. De lo contrario, debe eliminar el módulo y buscar una versión anterior en el repositorio de instalación de Eclipse.