Sé que esto es antiguo, pero la búsqueda en Google de ese problema apunta aquí. Así que aquí está la respuesta:
Debian y Ubuntu limitan el acceso a las carpetas. Debe usar la carpeta phpmyadmin para eso.
En Ubuntu es "/etc/phpmyadmin/" (sin las comillas).
Entonces la configuración sería:
$cfg['UploadDir'] = '/etc/phpmyadmin/';