Mongo convierte documento incrustado en matriz

Todavía necesita iterar sobre el contenido, pero en su lugar debe volver a escribir usando operaciones masivas:

Ya sea para MongoDB 2.6 y superior:

var bulk = db.collection.initializeUnorderedBulkOp(),
    count = 0;

db.collection.find({ 
   "$where": "return !Array.isArray(this.experience)"
}).forEach(function(doc) {
    bulk.find({ "_id": doc._id }).updateOne({
        "$set": { "experience": [doc.experience["0"]] }
    });
    count++;

    // Write once in 1000 entries
    if ( count % 1000 == 0 ) {
        bulk.execute();    
        bulk = db.collection.initializeUnorderedBulkOp();
    }
})

// Write the remaining
if ( count % 1000 != 0 )
    bulk.execute();

O en las versiones modernas de MongoDB 3.2 y posteriores, bulkWrite() se prefiere el método:

var ops = [];

db.collection.find({ 
   "$where": "return !Array.isArray(this.experience)"
}).forEach(function(doc) {
   ops.push({
       "updateOne": {
           "filter": { "_id": doc._id },
           "update": { "$set": { "experience": [doc.experience["0"]] } }
       }
   });

   if ( ops.length == 1000 ) {
       db.collection.bulkWrite(ops,{ "ordered": false })
       ops = [];
   }
})

if ( ops.length > 0 )
    db.collection.bulkWrite(ops,{ "ordered": false });

Entonces, cuando se vuelve a escribir en la base de datos sobre un cursor, las operaciones de escritura masiva con un conjunto "desordenado" son el camino a seguir. Es solo una escritura/respuesta por lote de 1000 solicitudes, lo que reduce una gran cantidad de gastos generales, y "desordenado" significa que las escrituras pueden ocurrir en paralelo en lugar de en un orden en serie. Todo lo hace más rápido.