Actualizado:
Parece que $exists
las consultas usan el índice correctamente ahora en función de estos tickets $exists las consultas deben usar el índice y {$exists:false} no usarán el índice
Respuesta antigua:
No, no hay forma de decirle a mongodb que use el índice para la consulta de existencia. La indexación está completamente relacionada con los datos . Dado que $exists solo está relacionado con las claves (campos) no se puede usar en índices.
$exists solo verifica si la clave dada (o campo) existe en el documento.