Como dijiste, MongoCollection tiene el count() método que devolverá la cantidad de documentos en la colección, pero también tiene un count(Bson filter) que devolverá el número de documentos en la colección según las opciones dadas .
Así que solo puedes usar:
long count = photosCollections.count(Document.parse("{_id : {$lt : 100}}"))
o quizás más claro:
Document query = new Document("_id", new Document("$lt", 100));
long count = photosCollections.count(query);
ref:http://api.mongodb.com/java/3.3/com/mongodb/client/MongoCollection.html#count-org.bson.conversions.Bson-
