¿Cómo configuro un tiempo de espera en una consulta Mongoose?

Puede hacer esto con Query#maxTime método.

Entonces, en su caso, lo llamaría como:

MySet.find({}).maxTime(10000).exec(function(err, doc) { ... });

Puede confirmar que está configurando correctamente el maxTimeMS opción habilitando la depuración de Mongoose a través de mongoose.set('debug', true); y luego verá la salida de la consola para esta consulta que se ve así:

Mongoose: myset.find({}) { maxTimeMS: 10000, safe: true, fields: {} }