Eliminar elemento de la matriz anidada mongodb

Puede probar la siguiente consulta de actualización en la versión 3.6.

Invoice.update( 
 {}, 
 {"$pull":{"attachment.$[].files":{_id:ObjectId("5b7969ac8fb15f3e5c8e844e")}}}, 
 {"multi": true}, function (err, result) {console.log(result);
});

Use db.adminCommand( { setFeatureCompatibilityVersion: 3.6 or 4.0 depending on your version } ) si está actualizando desde una versión anterior.