su forma de crear una matriz mongo bson es incorrecta. Te faltan las partes
mongo.bson.buffer.start.object(buf, "0")
...
mongo.bson.buffer.finish.object(buf)
mongo.bson.buffer.start.object(buf, "1")
...
mongo.bson.buffer.finish.object(buf)
Para ver un ejemplo de trabajo, consulte el comentario más reciente en:https://github.com/mongosoup/rmongodb/issues/17
Espero que esto funcione por ahora.
Hay un error en todos los comandos .to.list / .from.list / .append.list. ¡Estoy trabajando en una solución más fácil!