A partir de la versión 6 de Mongoose, no debe especificar eso como una opción. Se manejará automáticamente.
Este problema se explica aquí.
useNewUrlParser , useUnifiedTopology , useFindAndModify y useCreateIndex ya no son opciones compatibles. Mongoose 6 siempre se comporta como si useNewUrlParser , useUnifiedTopology y useCreateIndex son verdaderos y useFindAndModify Es falso. Elimine estas opciones de su código.