Elemento de extracción de MongoDB de una matriz de dos niveles de profundidad

Esta es la consulta que tienes que usar:

db.collection.update( { "Queries.Results.id":1 }, { $pull: { "Queries.$.Results": {"id":1} } } )

Debe especificar la cláusula "dónde" para encontrar el documento que desea actualizar. También le falta el operador posicional $, debe usarlo porque las consultas pueden tener múltiples resultados.