Ejecutando Mongo como Query (JSON) a través de Java

Sí, hay forma, pasando el filtro como una cadena. Ejemplo:

BasicDBObject query = BasicDBObject.parse("{userId: {$gt: \"1\"}}");
FindIterable<Document> dumps = crapCollection.find(query);

También puede usar com.mongodb.util.JSON , pero no lo recomiendo. Es menos descriptivo.

DBObject dbObject = (DBObject)JSON.parse("{userId: {$gt: \"1\"}}");

Tenga en cuenta que esto podría ser vulnerable a las inyecciones de SQL porque usted mismo analiza/construye el filtro.

Recomiendo usar la consulta parametrizada de Jongo.