.updateOne en MongoDB no funciona en Node.js

Tal vez debería usar "$set" en su consulta de actualización de esta manera:

{$set: {"name": req.body.name}}, // Update

Más información en documentación

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Si no funciona, probablemente se deba a que no coincide con su filtro.

Tal vez debería intentar hacer coincidir con un ObjectId como este:

var ObjectID = require('mongodb').ObjectID;

// In your request
{ "_id": ObjectID(req.body._id)}, // Filter

Espero que ayude.