Actualizar matriz anidada múltiple en Mongodb

Quizás cambie su primera consulta a:

db.userlinks.update (
    {_id: 1, tags: {$nin: [{tag:'foo'}]}}, 
    {$push: {'tags': {tag:'foo', links:[]}}}, 
    {upsert: true}
)

La operación $push solo debería afectar a los enlaces, no a la etiqueta.

{$push: {'tags.links': {link: 'http://www.google.com', date: '123'} } },