Si tiene 2 nodos, no significa que los datos estén particionados en 2 partes. Puede dividirse en, digamos, 10 fragmentos y 6 de ellos están en el servidor 1 y el resto está en el servidor 2.
Cuando agrega otro servidor, MongoDB puede redistribuir esos fragmentos entre nodos de nueva configuración
Puede leer más en los documentos oficiales: