En Meteor.js, ¿cómo haría que dos proyectos de desarrollo usen la misma instancia de Mongo?

Sí, puedes iniciar meteorito con MONGO_URL parámetro como:

$ MONGO_URL="mongodb://localhost:27017/myapp" meteor

o

$ MONGO_URL="mongodb://localhost:27017/myapp" meteor --port 4000

Esto supone que tiene mongodb instalado en su sistema. Consulte esta pregunta para conocer formas de hacer que este proceso sea un poco más fácil mediante el uso de variables de entorno o un script de inicio.