Este es el comportamiento predeterminado de MongoDB para las actualizaciones. Si desea actualizar varios documentos a la vez, deberá proporcionar explícitamente el multi bandera:
db.collection.update( criteria, objNew, upsert, multi )
así que tendrías que usar
db.we.update({"uid":1, "status":1, "time" : {"$lte":1324403899}},
{"$set":{status:0}},
false,
true);
en su lugar.
De la documentación :
