Error de mangosta:no se pueden actualizar __v y __v al mismo tiempo

Le sugiero que coloque la lógica de eliminación relacionada con _id en su archivo de definición de esquema de modelo de mongoose:

var UserSchema = new mongoose.Schema(fieldDefinitions);

// Ensure virtual fields are serialised.
UserSchema.set('toJSON', {
    virtuals: true
});

// Ensure able to see virtual fields output when using console.log(obj)
UserSchema.set('toObject', {
    virtuals: true
});

UserSchema.options.toJSON = {

    transform : function(doc, ret, options) {

        console.log('--> ' + require('util').inspect( ret._id.id ));

        ret.id = ret._id.id;
        delete ret._id;
        delete ret.__v;

        return ret;
    },
    virtuals: true
};

Luego, en su devolución de llamada, ejecute toJSON:

var processedJson = resultDoc.toJSON();

para recuperar la versión procesada que oculta muy bien la lógica reutilizable.
NOTA:toJSON() también es ejecutado mágicamente por JSON.stringify()