MongoDB:selección condicional de una colección basada en otra colección

Puede probar debajo de la consulta de agregación.

db.animals.aggregate([ [
  {
    "$lookup": {
      "from": "meals",
      "localField": "lastMeal",
      "foreignField": "id",
      "as": "last_meal"
    }
  },
  {
    "$unwind": "$last_meal"
  },
  {
    "$match": {
      "last_meal.created": {
        "$gt": 20171001
      }
    }
  }
])

Más información aquí .

Puedes usar $project con exclusión después de $match etapa para formatear la respuesta para excluir campos unidos. Algo así como { $project: {"last_meal":0} }