El índice "FirstIdSecondIdCreationTime" no se consideró automáticamente porque se creó con una intercalación y la consulta se ejecuta sin intercalación.
Utilice .collation() método de cursor para especificar la misma intercalación para la consulta que se utilizó para el índice.
El tiempo de ejecución de 5,5 segundos con ese índice también es bastante lento. Es posible que vea alguna mejora en esa consulta si crea un índice en {FirstId: 1, SecondId: 1, _id: 1} para que el ejecutor de consultas pueda usar el índice para cumplir con la ordenación en lugar de una ordenación en memoria.
