Ahora estás haciendo el equivalente a:
db.col.find({$in:[{Id:id1}, {Id:id2}, ..., {Id:idN}]})
Lo cual no es una consulta válida ya que no está especificando en qué campo $in. Supongo que quieres:
db.col.find({Id:{$in:[id1, id2, ..., idN]}})
Cambie el código de construcción de su consulta en consecuencia y debería estar bien.
EDITAR:Agregar el código correcto:
public static void getDocuments(List<Integer> documentIds) {
BasicDBList docIds = new BasicDBList();
docIds.addAll(documentIds)
DBObject inClause = new BasicDBObject("$in", docIds);
DBObject query = new BasicDBObject("Id", inClause);
DBCursor dbCursor = mongoRule.getDatabase().getCollection("mycollection").find(query);
System.out.println(dbCursor == null);
if (dbCursor != null) {
while (dbCursor.hasNext()) {
System.out.println("object - " + dbCursor.next());
}
}
}
Tenga en cuenta que esto supone que "Id" es diferente a "_id"