Con varias compilaciones y pruebas usando docker para probar diferentes combinaciones de versiones, logré llegar a una aplicación Django MongoDB estable y funcional usando las siguientes versiones:
Django==1.10.0
pymongo==2.7.1
six==1.10.0
mongoengine==0.9.0
Después de instalar las bibliotecas necesarias, edite su configuración.py para actualizar o agregar lo siguiente
DATABASES = {
'default': {
'ENGINE': 'django.db.backends.dummy'
}
}
AUTHENTICATION_BACKENDS = (
'mongoengine.django.auth.MongoEngineBackend',
)
from mongoengine import *
connect('database_name', host='host_ip', port=27017)
Cambie el nombre de la base de datos y la IP del host. Intenta conectarse a localhost de forma predeterminada si no se indica ninguna IP.
Ahora, ejecutar su aplicación debería tener la base de datos conectada y lista para usar. Verifique mongoengine documentación para obtener información sobre cómo usarlo.