La convención que uso y que he visto en la mayoría de los proyectos de código abierto (incluido Spring et al) es poner todos los archivos que no son de Java en un directorio de recursos, en un directorio descriptivo:
module-root/
src/
main/
java/
(Java sources go here)
resources/
log4j.xml
spring/ (spring xmls go here)
sql/ (sql scripts go here)
mongo/ (<-- seems like a good place for mongoDB functions)
test/
unit/
java/ (unit test java sources go here)
resources/ (unit test specific resources - usually none)
integration/
java/ (integration test java sources go here)
resources/
spring/ (usually an ITestAssembly.xml goes here)
Luego, el archivo de compilación empaqueta los recursos en un contenedor de recursos, que se implementa junto con todos los demás contenedores.
