Debe proporcionar los campos recuperados como segundo parámetro del método findOne
BasicDBObject retrievedField = new BasicDBObject();
retrievedField.put("_id",0);
dbcoll.findOne(query, retrievedField);
Además, si desea recuperar la consulta exacta que mostró, creo que debe agregar el objeto elemMatch a los campos recuperados en lugar de agregarlo a queryObject.
BasicDBObject eleMatch = new BasicDBObject();
eleMatch.put("cityName","A");
BasicDBObject up = new BasicDBObject();
up.put("$elemMatch",eleMatch);
retrievedField.append(up);
BasicDBObject query = new BasicDBObject();
query.put("name","abc");
DBCollection dbcoll = mongoTemplate.getCollection("sample");
DBObject object = dbcoll.findOne(query, retrievedField);