Lo que está cronometrando aquí es el tiempo que tarda el nodo en iniciarse, cargar el módulo mongo y solo luego conectarse. Descubrirá que la mayor parte de esto no se conecta a la base de datos en sí, sino que analiza, carga y ejecuta todo el script.
Intente ejecutar el tiempo desde el interior del script después de mongodb el módulo ha sido cargado.
