Si la reparación no funciona, lamentablemente no tiene suerte.
Supongo que no tenía habilitado el registro en diario ni ninguna copia de seguridad. Le recomiendo encarecidamente que ejecute con el diario habilitado y siga una de las estrategias de copia de seguridad descritas aquí . La instantánea LVM es fácil de implementar, bastante rápida y confiable.
También es mejor ejecutar MongoDB en un sistema de 64 bits. 32 bits te limita a 2 gb de datos . ¿Dices que "te quedaste sin espacio"?